Отделение основано 14 сентября 1912 года в структуре Клиники нервных и душевных болезней Психоневрологического института

В 1927 году во главе отделения встала руководитель отдела психиатрии Института профессор Раиса Яковлевна Голант. В сферу научных интересов Р.Я. Голант входили вопросы особенностей течения и терапии душевных заболеваний. В период работы в отделении Р.Я, Голант особое внимание было уделено активным методам лечения душевнобольных: инсулинокоматозная терапия, электросудорожная терапия, сульфазинотерапия. Перу Раисы Яковлевны Голант принадлежат монография "О расстройствах памяти", под её редакцией вышел в свет сборник научных работ "Опыт терапии нервных и душевных заболеваний".

С 1951 по 1977 год отделением руководил профессор Теодор Яковлевич Хвиливицкий. В этот период отделение получило название "Отделение клинической психофармакологии". На этом этапе основные направления работы - изучение особенностей течения аффективных психозов и разработка методов лечения психически больных. Особое внимание уделялось проблеме лекарственной резистентности при эндогенных психических заболеваниях. Результаты работы были отражены в многочисленных периодических публикациях и в ряде монографий. Под руководством профессора Т.Я Хвиливицкого начали свою научную деятельность видные отечественные психиатры Р. Я. Вовин, Ю.Л. Нуллер, Е.Ф. Бажин. 

С 1977 по 2001 год отделением руководил заслуженный деятель науки РФ, профессор Руслан Яковлевич Вовин. Основное направление научной работы отделения в этот период - исследование клиники эндогенных психозов в зависимости от особенностей состояния мозгового субстрата и различных форм органической недостаточности головного мозга. Впервые была предложена оригинальная систематика, типология и подходы к терапии негативных расстройств при шизофрении. Исследовались закономерности формирования терапевтической резистентности при эндогенных психозах, что позволило разработать ряд дифференцированных и эффективных подходов для ее преодоления.

С 2001 года отделение возглавляет профессор Михаил Владимирович Иванов.