На протяжении многих лет отделение детской психиатрии (в прошлом - отделение детской невропсихиатрии, детская психиатрическая клиника, отделение детской нейропсихиатрии) является ведущим подразделением института в области помощи детям, страдающим различными психоневрологическими заболеваниями.

Изначально детское отделение входило в состав общего психиатрического отделения (лечебно-профилактический сектор института), рассчитанного на 50 коек и основанного в 1919 году, которым руководила заместитель директора по научной работе, заслуженный деятель науки, профессор Раиса Яковлевна Голант, но уже было обособленным и занимало пять палат. Таким образом, 1919 год (наиболее вероятно - осень этого года) стал датой появления детской психиатрической клиники Психоневрологического института им. В.М. Бехтерева.

Появлению отделения, как и других детских медицинских и воспитательных учреждений Петербурга - Петрограда предшествовала долгая и кропотливая работа В.М. Бехтерева и его учеников и соратников И.В. Маляревского, Е.Х. Маляревской, М.И. Маляревского, А.С. Грибоедова, К.И. Поварнина и др. В 1922 году общее психиатрическое отделение института было расширено до 80 коек, включая и детей, в 1927 году взрослое отделение было увеличено и могло принять 100 больных, при этом выделены сверх этого 25 отдельных коек для детей, а в 1932 году клиника института насчитывала 35 детских психиатрических коек. В последующие десятилетия коечный фонд отделения колебался в пределах от 35 до 45 мест, и в настоящее время стационар отделения детской психиатрии рассчитан на 40 коек для детей и подростков от 4 до 17 лет.

В 1927 году в детском отделении появился его первый непосредственный руководитель (тогда - заведующий) - Самуил Семенович Мнухин, который возглавлял отделение до 1950 года. С 1942 года Самуил Семенович руководил также и кафедрой психиатрии Ленинградского педиатрического медицинского института, которой бессменно заведовал до 1970 года. Фигура С.С. Мнухина стала краеугольным камнем не только для детской психиатрии Ленинграда, но и для страны в целом. При Самуиле Семеновиче продолжились начатые еще Р.Я. Голант исследования в области психоморфологического направления (изучались вопросы локализации нервно-психических расстройств в их возрастном аспекте).

Наряду с помощью стационарным больным в отделении появился и большой амбулаторный прием пациентов, что дало огромные возможности как в плане расширения границ научных исследований, так и в плане оказания помощи значительно большему, чем это было ранее, числу детей. Стали широко известны труды С.С. Мнухина в области эпилептологии об амнестически-афатических расстройствах, об олигофазии и типах аур, о клинико-физиологической классификации эпилепсии, что вылилось в докторскую диссертацию "О типах течения эпилепсии у детей", защищенной им в 1939 году. В период блокады Ленинграда и в первые послевоенные годы появились научные труды С.С. Мнухина, посвященные психическим расстройствам у детей при голодании и тяжелом алиментарном истощении. В 1941 - 1942 гг. Самуил Семенович дополнительно исполнял обязанности заведующего приемным покоем клиники института, в 1942 году лично сопровождал эшелоны эвакуируемых душевнобольных, а в 1943 - 1944 гг. исполнял обязанности заместителя директора по научной работе Психоневрологического института им. В.М. Бехтерева, наряду с руководством детским отделением. В 1944 году С.С. Мнухину присвоено звание профессора. В последующие годы работы Самуила Семеновича Мнухина о клинике и течении резидуально-органических поражений головного мозга у детей и подростков, клинико-физиологической классификации умственной отсталости, периодических органических (диэнцефалопатических) психозах у подростков, о границах шизофрении у детей и другие принесли ему заслуженные почет и уважение многочисленных учеников и последователей. С полной уверенностью можно утверждать, что профессор С.С. Мнухин стал основателем современной школы детско-подростковой психиатрии Ленинграда.

С 1950 по 1952 год отделение возглавлял кандидат медицинских наук, старший научный сотрудник Сергей Федорович Семенов. Тема кандидатской диссертации Сергея Федоровича - "О течении органической эпилепсии" (защищена в 1940 году). Основные труды С.Ф. Семенова в период работы в детском отделении были посвящены травматической эпилепсии у детей и взрослых. В 1952 году С.Ф. Семенов был переведен на работу в Рязань, а затем вскоре возглавил кафедру психиатрии медицинского института в Крыму, в 1954 году защитил докторскую диссертацию "Зрительные агнозии и галлюцинации при черепно-мозговых ранениях затылочной области".

В дальнейшем С.Ф. Семенов являлся сотрудником Института социальной и судебной психиатрии им. В.П. Сербского в Москве.

Также в течение относительно небольшого периода (с марта 1952 по октябрь 1953 года) отделение имело временно исполняющего обязанности руководителя, которым была сотрудница института, врач-психиатр Наталья Васильевна Опарина. Наиболее известными трудами Н.В. Опариной в области детской и подростковой психиатрии стали работы, посвященные деперсонализационным расстройствам в молодом возрасте, умственной отсталости, деменции Геллера (совместно с проф. С.С. Мнухиным), постинфекционным психозам и их отграничению от детских типов шизофрении.

С 1953 по 1970 год отделением руководил профессор Григорий Борисович (Борухович) Абрамович. В психиатрию детского возраста Г.Б. Абрамович пришел уже зрелым ученым, но еще не специалистом по детству - его докторская диссертация "Поздние психозы на почве алиментарного истощения" была защищена в 1949 году.

С момента прихода в детское отделение Григорий Борисович сумел быстро стать ведущим ученым института в области детской эпилептологии. Он был одним из пионеров использования математических методов для изучения ряда проблем эпилепсии. Под руководством Г.Б. Абрамовича были проведены исследования рефлекторного характера припадков, проведена типология эпилептических психозов у детей и подростков, изучены особенности их течения, дифференциальной диагностики и терапии. Большое внимание в этот период развития отделения стало уделяться диспансерному наблюдению за детьми и подростками с эпилепсией и органическим поражением головного мозга, а также разработке реабилитационных программ для них.

С 1970 по 2004 год отделение возглавлял Рэм Андреевич Харитонов. В 1970 году Р.А. Харитонов защитил докторскую диссертацию "Фокальная корковая эпилепсия у детей и подростков (клиническое и статистическое исследование)". Основное направление научных работ сотрудников отделения в этот период логически связано с исследованиями всех предыдущих лет. Особое внимание уделялось комплексному клиническому, психологическому и электроэнцефалографическому изучению форм эпилепсии у детей в статике и динамике, возможностям противоэпилептической терапии, роли и месту эпилептических психозов в структуре других психических расстройств.

Наряду с работой над проблемами эпилепсии проф. Р.А. Харитоновым и сотрудниками отделения проводились также клинико-психопатологические и клинико-психологические исследования детей с органическим и резидуально-органическим поражением головного мозга, в частности, с психоорганическим синдромом, разрабатывались оптимальные схемы реабилитации этих больных.

С 2004 года отделение детской психиатрии возглавляет Игорь Владимирович Макаров. В 2005 году И.В. Макаров защитил докторскую диссертацию "Психотические расстройства у детей: эпидемиологические, клинические и социально-организационные аспекты".

Проводимые в отделении исследования традиционно в первую очередь направлены на изучение клиники, динамики и возможности адекватной терапии при психических нарушениях у детей и подростков с резидуально-органическим поражением головного мозга и эпилепсией. Наряду с этим произошли и определенные изменения в составе пациентов отделения - значительно увеличилось количество больных с детским аутизмом, психозами, обсессивно-компульсивными расстройствами, синдромом дефицита внимания с гиперактивностью.

В настоящее время коллективом сотрудников особое внимание уделяется пониманию и дальнейшему развитию клинических воззрений и взглядов профессора С.С. Мнухина и созданной им школы детской психиатрии.